มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้จัดขอบข่ายภาระของส่วนงานตามโครงสร้างมหาวิทยาลัย โดยวิทยาเขตขอนแก่น เป็นส่วนงานระดับคณะ ในมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ ให้มีสถานะเป็นนิติบุคคล และเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๑๔ ตอนที่ ๕๑ ก ลงวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๔๐
มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตขอนแก่น ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งเมื่อวันที่ ๓ ตุลาคม ๒๕๒๘ เป็นต้นมา ในระยะแรกกำหนดให้มีฝ่ายวิชาการสังกัดสำนักงานวิทยาเขตขอนแก่น ต่อมามหาวิทยาลัยได้กำหนดหน่วยงานใหม่ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ โดยมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในคราวประชุม ครั้งที่ ๑๑/๒๕๔๑ เมื่อวันที่ ๒๗ พฤศจิกายน ๒๕๔๑ เห็นชอบให้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่องการแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๑ ให้มีสำนักวิชาการ ขึ้นตรงต่อรองอธิการบดีวิทยาเขตขอนแก่น โดยมีผู้ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการสำนักวิชาการ ดังต่อไปนี้
| ๑. พระครูศรีปริยัติสุนทร, ดร. (หนูปัน ญาณกิตฺติ/อาสาสนา) | พ.ศ. ๒๕๔๑ – ๒๕๔๔ |
| ๒. พระมหาสุนทร สุนฺทรธมฺโม/เสนาซุย | พ.ศ. ๒๕๔๔ – ๒๕๔๙ |
| ๓. พระมหาประทีป สญฺญโม/พรมสิทธิ์, ดร. | พ.ศ. ๒๕๔๙ – ๒๕๕๒ |
| ๔. พระครูปริยัติธรรมวงศ์, รศ.ดร. (สุพล ธมฺมวํโส/แสนพงษ์) | พ.ศ. ๒๕๕๒ – ๒๕๕๘ |
| ๕. พระครูสุตธรรมภาณี, ผศ. (สำนวน โอภาโส/ใยแก้ว) | พ.ศ. ๒๕๕๘ – ๒๕๖๐ |
| ๖. พระมหาดาวสยาม วชิรปญฺโญ (กล้ารอด), ผศ.ดร. | พ.ศ. ๒๕๖๐ – ๒๕๖๑ (รก.) |
| ๗. พระมหาโยธิน โยธิโก (ปัดชาสี), รศ.ดร. | พ.ศ. ๒๕๖๑ – ปัจจุบัน |
อาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๗ (๑) แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ และมติสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุม ครั้งที่ ๘/๒๕๕๖ เมื่อวันพุธที่ ๒๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๖ และครั้งที่ ๕/๒๕๖๑ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๒๘ มิถุนายน ๒๕๖๑ จึงออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง ภารกิจ อำนาจ หน้าที่ และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๖๒ จึงได้กำหนดภารกิจ การแบ่งส่วนงาน และกลุ่มงานต่าง ๆ ไว้ ดังนี้
สำนักวิชาการวิทยาเขตขอนแก่น มีภารกิจเกี่ยวกับงานวิชาการของวิทยาเขตในส่วนงานทะเบียนและวัดผล งานเทคโนโลยีสารสนเทศและห้องสมุด งานวิจัย งานมาตรฐาน งานประกันคุณภาพการศึกษา และงานส่งเสริมพระพุทธศาสนาและบริการสังคม
แบ่งโครงสร้างการบริหารภายในสำนักวิชาการวิทยาเขตออกเป็น ๑ ส่วนงาน คือ ส่วนสนับสนุนวิชาการ มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานธุรการ งานจัดเก็บข้อมูลเพื่อประโยชน์ต่อการวางแผน และดำเนินการเกี่ยวกับงานทะเบียนและวัดผล งานเทคโนโลยีสารสนเทศและห้องสมุด งานวิจัย มาตรฐาน และงานประกันคุณภาพการศึกษา และงานส่งเสริมพระพุทธศาสนาและบริการสังคม รวมทั้งการจัดเก็บสถิติทางวิชาการต่าง ๆ เพื่อใช้ในการวิเคราะห์และวางแผนทางวิชาการ เพื่อให้สอดคล้องกับมหาวิทยาลัยและปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย ได้กำหนดวิธีการบริหาร ๔ กลุ่มงาน คือ
๑. กลุ่มงานทะเบียนและวัดผล ปฏิบัติงานจัดทำคู่มือ การรับสมัคร การคัดเลือกนิสิต และการลงทะเบียน กองทุนการศึกษา ข้อมูลนิสิต และให้บริการเกี่ยวกับทะเบียนประวัตินิสิต งานจัดทำระบบการวัดผลการศึกษา แจ้งผลการศึกษา ตรวจสอบการขออนุมัติปริญญาแก่ผู้สำเร็จการศึกษา ออกหนังสือสำคัญแก่ผู้สำเร็จการศึกษา และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๒. กลุ่มงานห้องสมุดและสารสนเทศ ปฏิบัติงานห้องสมุดและเทคโนโลยีสารสนเทศ เช่น จัดหาและให้บริการยืม – คืนหนังสือ วารสาร เอกสารวิชาการ อุปกรณ์โสตทัศนูปกรณ์ จัดอบรมบุคลากร นิสิต นักศึกษาของวิทยาเขตให้มีความรู้ ความเข้าใจ สามารถใช้คอมพิวเตอร์เพื่อค้นคว้าหรือสนับสนุนการทำทำงาน รวมทั้งผลิต จัดหาโปรแกรมคอมพิวเตอร์เพื่อสนับสนุนการทำงานและการเรียนการสอนให้มีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๓. กลุ่มงานวิจัยและคุณภาพการศึกษา ปฏิบัติงานวางแผนและพัฒนางานวิจัย จัดหาทุนสนับสนุนงานวิจัย เผยแพร่และนำงานวิจัยไปใช้ประโยชน์ รวบรวมและประมวลข้อมูลการประกันคุณภาพการศึกษา งานพัฒนาระบบฐานข้อมูลเพื่อการประกันคุณภาพการศึกษา งานพัฒนาระบบและกลไกการประกันคุณภาพการศึกษา เผยแพร่การประกันคุณภาพการศึกษา งานฝึกอบรมและบริการวิชาการ รวมทั้งการจัดเก็บสถิติทางวิชาการต่าง ๆ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๔. กลุ่มงานส่งเสริมพระพุทธศาสนาและบริการสังคม ปฏิบัติงานจัดกิจกรรม ส่งเสริม สนับสนุน เผยแผ่ ทะนุบำรุงพระพุทธศาสนาและศิลปวัฒนธรรม งานบริการฝึกอบรมเกี่ยวกับคุณธรรม จริยธรรม วิปัสสนากัมมัฏฐาน งานพระสอนศีลธรรมในโรงเรียน งานบรรพชาและอบรมเยาวชนภาคฤดูร้อนหรืออื่นๆ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย